અશાસ્ત્રીય સંપ્રદાય પર શંકરાચાર્ય સદાનંદ સરસ્વતીએ પ્રહાર કર્યા હતા. શંકરાચાર્યએ આરોપ લગાવ્યો હતો કે અશાસ્ત્રીય સંપ્રદાય ધાર્મિક પ્રદૂષણ ફેલાવી રહ્યા છે. તેમણે બ્રહ્માકુમારી, ઈસ્કોન સંપ્રદાય અને ગાયત્રી પરિવારને આડેહાથ લીધા હતા. સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય અને શિરડી સાંઈબાબા સંપ્રદાય વિરૂદ્ધ શંકરાચાર્યએ આક્રોશ ઠાલવ્યો હતો. વિવિધ સંપ્રદાયો સામે શંકરાચાર્યજીએ ભારોભાર નારાજગી વ્યકત કરી હતી.
શંકરાચાર્યએ કહ્યું હતું કે ધાર્મિકતાનો વેશ પહેરી આ સંપ્રદાયોએ ધર્મ વિરૂદ્ધ મિલાવટ કરી છે. સનાતન ધર્મને હાનિ પહોંચાડવાના પ્રયાસો થઈ રહ્યા છે. ઈસ્કોન સંપ્રદાય પોતાને હિંદુ ન ગણાવતો હોવાનો શંકરાચાર્યએ આરોપ લગાવ્યો હતો. સનાતન ધર્મને બદનામ કરનારાઓને જાકારો આપવાની શંકરાચાર્યએ અપીલ કરી હતી.
શંકરાચાર્યજીએ ચતુર્માસ અનુષ્ઠાન દરમિયાન કહ્યું હતું કે ગાયત્રી પરિવાર યજ્ઞ કરે છે, જેમાં કોઈ વિધિ હોતી નથી. આવા જ યજ્ઞોને કારણે દેશ પર સંકટો આવે છે. ઈસ્કોન વાળા પણ ષડયંત્ર કરી રહ્યા છે. ધર્મનો વેશ ધારણ કરે છે પણ પોતાને હિંદુ ગણાવતા નથી. ઈસ્કોન સંપ્રદાય રૂપિયા ભેગા કરીને વિદેશમાં મોકલે છે. સનાતન ધર્મને પતન તરફ લઈ જવાનો પ્રયાસ છે. પાખંડનો વિનાશ થવો જ જોઈએ. નામ સનાતન ધર્મનું અને કામ ધર્મને બદનામ કરવાનું થઈ રહ્યુ છે. સનાતન ધર્મનું નામ લઈ સનાતન ધર્મને જ તોડવાનો પ્રયાસ થઈ રહ્યો છે.
જાણીતા કથાકાર મોરારિબાપુએ નામ લીધા વગર અન્ય સંપ્રદાયો પર પ્રહાર કર્યા હતા. શાસ્ત્ર અને તથાકથિત વિચારધારાના નામે મોરારિબાપુએ પ્રહાર કર્યા હતા. મોરારિબાપુએ કહ્યું હતું કે કરૂણતા એ છે કે આગળ શાસ્ત્ર છે અને પાછળ શસ્ત્ર છે. શંકરાચાર્ય સદાનંદ સરસ્વતીના નિવેદનને જ્યોતિર્નાથ મહારાજે પણ સમર્થન કર્યું હતું. તેમણે કહ્યું હતું કે શંકરાચાર્ય સદાનંદ સરસ્વતીની વાત સત્ય છે. અશાસ્ત્રી સંપ્રદાયોને ઘણું મોટું સ્વરૂપ આપી દીધું છે. કોઈક ભગવાન બનવા નીકળે છે તો કોઈક પોતાને ભગવાન માને છે.