પ્રભુદેવાની પ્રૉફેશનલ લાઇફ વધુ શાનદાર અને સકૂન ભરેલી રહી છે. તેની પર્સનલ લાઇફ એટલી વધુ ઉતાર ચઢાવ ભરી રહી. પ્રભુદેવા 1995માં રામલત્તા સાથે લગ્ન કર્યા હતા. રામલત્તા મુસ્લિમ હતી અને ક્લાસિકલ ડાન્સર હતી, લગ્ન બાદ રામલત્તાએ હિન્દુ ધર્મ અપનાવ્યો. બન્નેને ત્રણ બાળકો થયા પરંતુ મોટા દીકરા વિશાલનુ કેન્સરના કારણે 2008માં મોત થઇ ગયુ હતુ.
પ્રભુદેવાના સાઉથ એક્ટ્રેસ નયનતારાને ડેટ કરવાના રિપોર્ટ પણ આવ્યા હતા. પ્રભુદેવાએ તામિલ ફિલ્મ વિલ્લૂમાં નયનતારાને કોરિયોગ્રાફ કર્યુ અને આ સમયે બન્ને વચ્ચે પ્રેમ થયો હતો. વર્ષ 2010માં પ્રભુદેવાએ નયનતારા સાથે સંબંધોની વાત માની હતી, અને તેની સાથે લગ્ન કરવાની વાત કરી હતી. પ્રભુદેવા અને નયનતારાના સંબંધોની ખબર રમલત્તાને પડી અને બન્ને છુટા થઇ ગયા હતા.