ઈશરત જહાં મામલે ફાઈલ ગૃહમંત્રાલયથી ગુમ થઈ તેની તપાસ દરમિયાન એક વરિષ્ઠ અધિકારીને પહેલેથી નક્કી કરેલા નિવેદન આપવા માટે તપાસ અધિકારી બી કે પ્રસાદે દબાણ કર્યુ હતું કે નહિ તેવા આરોપોથી બચવા માટે સરકાર હવે આ તપાસ રિપોર્ટ સાર્વજનિક કરવા માગે છે. સરકાર આ રિપોર્ટ વેબસાઈટ પર મૂકે તેવી શક્યતાઓ છે.
ઉલ્લેખનીય છે કે 2004માં ઈશરત જહાં એન્કાઉન્ટર કેસની ફાઈલો ગુમ થયા બાદ તેની તપાસમાં ગડબડી થઈ હોવાના આરોપ હતા. અંગ્રેજી અખબાર ઈન્ડિયન એક્સપ્રેસ અખબારના અહેવાલ મુજબ ગૃહમંત્રાલયના એડિશનલ સેક્રેટરી બીકે પ્રસાદે એક ફોન રેકોર્ડિંગમાં પૂર્વ ડાયરેક્ટર અશોક કુમારને કથિત રીતે કહી રહ્યા છે કે ઈશરત ફાઈલ વિવાદમાં તેમને શું સવાલ પૂછવામાં આવશે અને તેમણે આ સવાલોના કઈ રીતે જવાબ આપવાના રહેશે. તેઓ આ વાતચીતમાં કહી રહ્યા છે કે,
"મારે તમને પૂછવાનું છે કે તમે આ પેપર જોયુ છે કે નહિ, તમારે કહેવાનું છે કે મે આ પેપર જોયુ નથી.. સીધી વાત છે."
બી કે પ્રસાદે સ્પષ્ટતા કરતા ABPNEWSને કહ્યું હતું કે તે અધિકારીને સવાલના ફોર્મેટ સમજાવી રહ્યા હતા, જવાબ આપવા માટે દબાણ નહોતા કરતા. જો કે અશોક કુમારનું નિવેદન પ્રસાદે કહેલા જવાબને મળતું આવે છે.
ફાઈલ ગુમ થવાના આરોપ તત્કાલિન ગૃહમંત્રી પી. ચિદમ્બરમની ઓફિસ પર હતા. અને તપાસમા જાણવા મળ્યું કે 18થી 28 સપ્ટેમ્બર 2009ના ગાળામાં આ ફાઈલો ગુમ થઈ હતી. જ્યારે તત્કાલિન ગૃહમંત્રીએ આ મામલે બીજુ હલફનામુ કરાવ્યું હતું. જેમાં ઈશરતને આતંકવાદી હોવાના આરોપમાં ક્લિન ચીટ આપવામાં આવી હતી. તપાસ રિપોર્ટ અનુસાર આ ફાઈલો ખોવાઈ ગઈ અથવા તો તેને જાણી જોઈને ગુમ કરવામાં આવી હતી. જો કે કમિટિ માત્ર એક ફાઈલ શોધવામાં સફળ રહી હતી, હજી પણ બીજા ચાર દસ્તાવેજ ગુમ છે.