સીબીઆઈ દ્વારા કોર્ટમાં અપીલ દાખલ ન કરતા મુખર્જીને મુક્તી માટે થઈ રહેલો મોટો અવરોધ દૂરી થઈ ગયો હતો. હત્યા મામલે મુખર્જીને 19 નવેમ્બર 2015ના રોજ ધરપકડ કરવામાં આવી હતી.
સીબીઆઈએ તેમના પત્ની ઈંદ્રાણી મુખર્જી, સંજીવ ખન્ના અને ડ્રાઈવર શ્યામવર રાય વિરુદ્ધ આરોપપત્ર દાખલ કર્યાના થોડાક જ કલાકો બાદ તેમની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી. હત્યા કેસની તપાસ મહારાષ્ટ્ર સરકારે બાદમાં સીબીઆઈને સોંપી દીધી હતી.