32 લોકોનો જીવ લેનારા આ આતંકી હુમલામાં ટ્રાયલ કોર્ટ અને ગુજરાત હાઈ કોર્ટે આ વ્યક્તિઓને દોષિત જાહેર કર્યા હતા.
16 મે 2014ના રોજ સુપ્રીમ કોર્ટે છ લોકોને નિર્દોષ જાહેર કર્યા હતા. જેમાં ત્રણ આ કેસમાં અપરાધીઓ હતા.
રાજ્ય સરકારે કાઉન્ટર એફિડેવિટમાં કહ્યુ હતું કે તપાસ એજન્સીએ આ છ લોકો સામે ચાર્જશીટ દાખલ કરી હતી, જેમને પોટા (પ્રિવેન્શન ઓફ ટેરેરિઝમ એક્ટ) હેઠળ કોર્ટ દ્વારા દોષિત જાહેર કરવામાં આવ્યા હતા. અને તેમને દોષિત કરાયા બાદ હાઈકોર્ટે પણ કન્ફર્મેશન આપ્યુ હતું.
આ એફિડેવિટમાં કહેવાયું હતું કે બંને કોર્ટે આ દોષિતો સામે જમા કરાયેલા પુરાવાની પ્રશંસા કરી હતી. તેમના પર ગંભીર ગુનાઓ દાખલ કરાયા હોવાથી તેમની સજામાં ઘટાડાની માગને માન્ય રાખવી જોઈએ નહિ.
બે અદાલતોમાં એજન્સીના ઈન્વેસ્ટીગેશનને સ્વીકારાયા બાદ પણ જો આ અદાલત સજામાં કોઈ રાહત આપશે તો તપાસ એજન્સીઓ માટે ગંભીર ડીમોરલાઈઝીંગ ઈફેક્ટ થશે.
એપેક્સ કોર્ટે સપ્ટેમ્બર 2002માં અક્ષરધામ મંદિર હુમલામાં બે કેદીઓની જનમ ટીપ અને એક કેદીની 10 વર્ષની જેલની સજાને રદ કરી હતી. અદામ અજમેરી, શાન મિયા (ચાંદ ખાન) મુફ્તી અબ્દુલ કયુમને જુલાઈ 2006માં સ્પેશિયલ કોર્ટે પોટા હેઠળ ફાંસની સજા આપી છે.