અમેરિકી સ્થિત કૉલંબિયા યુનિવર્સિટીની પીએચડીની વિદ્યાર્થિનીએ ફારૂકી પર 28 માર્ચ 2015માં તેના ઘરે બળાત્કાર કર્યો હોવાનો આરોપ લગાવ્યો હતો. વિદ્યાર્થિની સંશોધનના મામલે ભારત આવી હતી. અને પોતાની એક મિત્ર દ્વારા તે ફારૂકીને મળી હતી. ત્યાર બાદ રિસર્ચમાં મદદ માટે ફારૂકીના ઘરે આવાજવાનુ શરુ થયું હતું. જ્યાં ફારુકીએ નશામાં તેની સાથે બળાત્કાર કર્યો હતો. પીડિતાની ફરિયાદ પર પોલીસે કેસ નોંધ્યો હતો.
9 સપ્ટેમ્બર 2015માં પીડિતાએ અદાલતમાં હાજર થઇને ફારૂકી વિરુદ્ધ નિવેદન નોધાવ્યું હતું. તેણીએ કહ્યું હતું કે, ફારુકીએ ઘટના બાદ ઇ-મેલ કરીને માફી પણ માંગી હતી. આ મામલે ફરુકીએ કહ્યું હતું કે, તેને ફસાવવામાં આવ્યો છે.
પોલીસે 29 જુને દાખલ કરેલી ચાર્જશીટમાં ફારુકી પર દુષ્કર્મ અને પુરાવાનો નાશ કરવાનો આરોપ લગાવ્યો હતો. જેમા કોર્ટે પુરાવાનો નાશ કરવા આરોપમાં ફારુકીને બળાત્કારનો દોષી માન્યો હતો. ફારુકી હાલમાં જામીન પર હતા, પરંતુ અદાલતમાં ગુનો સાબિત થયા બાદ પોલીસે તેમની ઘરપકડ કરી હતી.