આ પહેલા સીબીઆઈને મહારાષ્ટ્રમાં આવી કોઈપણ મંજૂરી વગર તપાસ કરવાનો અધિકાર હતો. મહારાષ્ટ્રના ગૃહ મંત્રી અનિલ દેશમુખે કહ્યું,સીબીઆઈનો ઉપયોગ રાજનૈતિક ભાવનાથી પ્રેરિત થઈ કરવામં આવી રહ્યો હોય તેવી આશંકા છે. એવી આશંકા છે કે સીબીઆઈનો રાજકીય ફાયદા માટે દુરપયોગ થાય છે. અનિલ દેશમુખે કહ્યું પશ્ચિમ બંગાળ, સિક્કિમ,રાજસ્થાન, આંધ્રપ્રદેશ, છત્તીસગઢ જેવા ઘણા રાજ્યોએ આ પ્રકારનો કરાર ખત્મ કર્યો છે.
મહારાષ્ટ્ર સરકારના આ નિર્ણયનો ભાજપના નેતાઓએ એક સુરમાં વિરોધ કર્યો છે. ભાજપના પ્રવક્તા રામ કદમે કહ્યું કે મહારાષ્ટ્ર સરકારનો આ નિર્ણય તુઘલકી નિર્ણય છે. રાજ્ય સરકારને પોતાના દેશની તપાસ એજન્સીની કઈ વાતનો ડર સતાવે છે. પાલઘર સાધુ હત્યાકાંડમાં રાજ્ય સરકારનું છૂપાવતી હોવાનું સ્પષ્ટ જોવા મળી રહ્યું છે.
સુશાંત સિંહ રાજપૂતના મૃત્યુના કેસની તપાસ CBIને સોંપવા માટે મહારાષ્ટ્ર સરકારે વાંધો ઉઠાવ્યો હતો. કેસ સુપ્રીમ કોર્ટમાં ગયો અને કોર્ટે તપાસ CBIને સોંપીને મુંબઈ પોલીસને તપાસમાં મદદ કરવાના આદેશ આપ્યા.